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Identificazione batteri e funghi con il DNA barcoding
(#DNAbarcodingservice)
Marcatori DNA barcoding impiegati*
Batteri = 16S gene ribosomiale (regioni da V1-V3, circa 450 bp; o V1-V6, c.a. 800 bp)
Funghi = Spaziatori Interni Trascritti, ITS-TOTALE (ITS1 e 2 comprensivo del gene ribosomale 5,8S, c.a. 500-650 bp)
Il SERVIZIO consiste nell'amplificazione del marcatore di DNA barcoding a partire da colonia microlisata utilizzando primer universali* (16S gene ribosomiale, Marchesi et al. 1998; ITS, White et al. 1990) successivo sequenziamento del DNA attraverso il metodo Sanger (sequenziamento classico) ed analisi bioinformatica che permette di risalire al genere e/o specie di appartenenza del microrganismo analizzato.
*, è possibile anche richiedere un marcatore diverso se si ha l'esigenza. Per esempio, per i batteri: Chaperonina 60 (cpn60) o la RNA polymerase β subunit gene (rpoB); per i funghi: LSU (28S), RNA polymerase RPB1 e il parte del gene Mcm7 (MS456).
Nel dettaglio, l’analisi è comprensiva di:
1) lisi da colonia con buffer ottimizzato;
2) amplificazione con primer universali** per il gene 16S per analisi batterica o ITS-TOTALE per analisi fungina;
3) purificazione del prodotto amplificato ottenuto;
4) reazione di sequenza con un primer attraverso il metodo Sanger (basi nucleotidiche garantite 500 bp) x 2 (prima reazione con primer forward o senso e seconda con il primer reverse o antisenso);
5) corsa elettroforetica delle due reazioni su sequenziatore automatico (3130 Genetic Analyzer);
6) analisi della traccia elettroforetica (raw data) ed editing della sequenza nucleotidica ottenuta;
7) analisi bioinformatica attraverso le banche dati di DNA barcoding (BOLD, GenBank, etc.).
Per ogni dettaglio aggiuntivo, curiosità o dubbi, contattaci ad info@dnatech-spinoff.it
§, si accetta anche DNA genomico estratto e quantificato via gel elettroforetico e/o tramite Qubit (60 ng in 6 uL, conc. 10 ng/uL). Eventuale stima della purezza attraverso lettura dei rapporti a 260/280 e 260/230. Per dettagli, contattaci.
**, i primer seppure universali potrebbero non riconoscere tutte le specie.
Requisiti della colonia
Per ogni batterio/fungo da tipizzare, inviare in tubini da 0,2 mL una colonia in 50 ul in acqua sterile (vedi protocollo #BombaMIX). Attenzione di prelevare una singola colonia altrimenti vi potranno essere contaminazioni che renderanno illeggibile la sequenza di DNA.
Spedizione dei campioni
I campioni devono essere inviati ad una temperatura di 4 gradi per evitare rischi di degradazione. Si può utilizzare il ritiro in sede se risiedi in Campania attraverso il nostro corriere (#DNATechExpress) con un piccolo costo aggiuntivo di 25 -EURO (IVA escl.) per Napoli o 35 -Euro (IVA escl.) al di fuori della provincia di Napoli.
Costi & Tempi
Batteri:
60 -EUR/campione (IVA escl.) per identificazione batterica 16S-V1-V3;
90 -EUR/campione (IVA escl.) per identificazione batterica 16S-V1-V6.
Funghi:
70 -EUR/campione (IVA escl.) per identificazione fungina ITS totale.
Nei casi in cui non si vada oltre la fase di amplificazione, verrà addebitato solo il costo delle attività svolte, pari a 35 -EURO (IVA escl.) a campione.
A seconda dell’arrivo del campione presso il nostro laboratorio, considera da 1 a 4 settimane per l'invio dei risultati tramite posta elettronica. Per info, contattaci.
Contattaci per un preventivo personalizzato.
SERVIZIO AGGIUNTIVO
- Estrazione del DNA da tessuto fungino, contattaci per un preventivo.
Attenzione! ....se hai notato che nel tuo cibo o negli ambienti in cui vivi ci sono delle muffe o strani germetti e vuoi sapere che cosa sono, contattaci che ci pensiamo noi ad isolarli e a procedere con il nostro protocollo di identificazione molecolare.
